Корпус подводной лодки был найден на дне всего в 7,5 кабельтовых южнее точки координат последнего погружения Nanggala ночью 21 апреля. Согласно переданным с подводного аппарата видеоизображениям и данным обследования, корпус лодки сильно разрушен и фактически разделился на три части. «KRI Nanggala разделена на три части: корпус корабля, корма корабля и основные части все отделены, основная часть обнаружена с трещинами», - сказал прессе глава штаба ВМФ Юдо Маргоно.

Подводный аппарат поднял с места нахождения корпуса лодки несколько фрагментов конструкции и спасательный жилет Mk 11. Жилет не был использован ни одним из членов экипажа подводной лодки, что косвенно указывает на то, что аварийная ситуация, приведшая к гибели лодки и ее экипажа, развивалась очень быстро.


На борту лодки погибли 53 человека, в том числе 49 человек штатного экипажа во главе с командиром подполковником (Letnan Kolonel) Гери Октавианом (и еще 13 офицерами), обеспечивавший выход лодки на торпедные стрельбы командующий подводными силами II флота ВМС Индонезии полковник (Kolonel) Гарри Сетьяван с двумя штабными офицерами (подполковником и майором), и один гражданский специалист по торпедному оружию.

Напомним, что индонезийская дизель-электрическая подводная лодка Nanggala (бортовой номер «402») - одна из двух входивших в состав ВМС Индонезии лодок немецкого проекта 209/1300 западногерманской постройки, находившихся в строю с 1981 года (головная лодка этого типа Cakra, бортовой номер «401») - пропала без вести ночью 21 апреля во время отработки мероприятий боевой подготовки по торпедной стрельбе в 51 миле к северу от острова Бали. Лодка Nanggala последний раз вышла на связь по радио в 03.00 местного времени 21 апреля, доложив о готовности к погружению для проведения учебной торпедной стрельбы штатными немецкими торпедами SUT. Торпедная стрельба была запланирована на 04.00. Следующий сеанс радиосвязи был намечен на 04.25, во время которого лодка должна была доложить о результате торпедной стрельбы - однако на связь лодка уже не вышла. В 09.37 ВМС Индонезии объявили спасательную операцию.
Уже 21 апреля в районе исчезновения Nanggala было обнаружено нефтяное пятно, а 23 и 24 апреля ведущие поисковые работы индонезийские корабли обнаружили и выловили на поверхности моря ряд предметов с подводной лодки, свидетельствующих о вероятном разрушении прочного корпуса лодки, - в том числе фрагмент направляющей торпедного аппарата, бутылочку со смазкой для перископа и молитвенные коврики членов экипажа. В сочетании с тем, что запас воздуха на лодке при любом развитии событий истек бы в течении 72 часов (то есть к утру 24 апреля), командование ВМС Индонезии 24 апреля официально объявило подводную лодку Nanggala потерянной.

Nanggala стала единственной потерянной до настоящего времени в результате аварии подводной лодкой многочисленного немецкого семейства проекта 209.