Пуск ракеты «Союз-2.1а» с кораблём «Союз МС-16» был осуществлён с 31-й площадки Байконура в 11.05 мск. На борту корабля россияне Анатолий Иванишин и Иван Вагнер и американец Кристофер Кэссиди.
«Союз МС-16» стал первым кораблем с экипажем, который полетел на ракете «Союз-2.1а», полностью состоящей из российских комплектующих, вместо ранее использовавшейся ракеты «Союз-ФГ» с украинской системой управления. В августе 2019 года был осуществлен испытательный запуск корабля «Союз МС-14» без экипажа на ракете «Союз-2.1а».
В ходе 196-суточной экспедиции на МКС экипажу предстоит принять два грузовых корабля "Прогресс", японский "грузовик" HTV-9 и американский Cygnus. Кроме того, в мае ожидается прилёт на станцию первого корабля Crew Dragon с экипажем.
Выходов в открытый космос по российской программе экипажу не запланировано, но Иванишин прошёл подготовку к выходу в американском скафандре в случае аварии на американском сегменте МКС.