Самый высокопродуктивный компьютер в мире IBM Summit, находящийся в Ок-Риджской национальной лаборатории в США, помог найти химические соединения, которые помогут побороть коронавирус. У обычных компьютеров на расчеты ушли бы месяцы. Summit выполнил эти же задачи со скоростью в несколько дней.
IBM Summit
Устройство смоделировало и проанализировало более 8 тыс соединений и отобрало 77. Соединения могут обезвредить белок, отвечающий за связывание вируса с клетками организма. Расчеты станут подспорьем для будущих исследований и экспериментов, которые проверят эффективность выявленных химических соединений в борьбе с COVID-19.
Вычислительная мощность IBM Summit равна 122,3 петафлопс, а максимальная потенциальная достигает 200 петафлопс. Суперкомпьютер состоит из 4,608 серверных узлов IBM Power Systems AC922, каждый из которых оснащен 2 процессорами IBM POWER9 и 6 графическими процессорами Nvidia Tensorcore V100.
Для внутренних соединений используется сеть Mellanox dual-rail EDR InfiniBand с пропускной способностью 200 Гбит/с на каждый сервер. Суперкомпьютер работает под управлением операционной системы Red Hat Enterprise Linux 7.4. Издание MIT Technology Review сообщает, что Summit весит больше, чем пассажирский авиалайнер, и занимает помещение площадью в 2 теннисных корта.
Еще до окончательного завершения создания системы исследователи запустили вычисления по сравнению геномов, в ходе которых зафиксировали производительность Summit в 1,88 эксафлопс. По словам Томаса Захарии, директора Национальной лаборатории Ок-Ридж, это первый случай в истории, когда был преодолен барьер в 1 эксафлопс. Зимой Китай грозился к концу этого года запустить компьютер с производительностью в 1 эксафлопс, то есть квинтильон (10 в 18-й степени) операций в секунду, а в США ранее было выделено $258 млн на создание суперкомпьютера с производительностью более 1 эксафлопс к 2021 году. Разработку, как было заявлено в 2017 году, ведут шесть американских компаний — Hewlett-Packard, IBM, Intel, NVIDIA, Cray и AMD.
Ученые обнаружили антитело, которое помогает лечить коронавирус COVID-19
Антитело может блокировать инфекцию SARS1 и SARS2. Ученые из медицинского центра Университета Еразмуса в Роттердаме (Нидерланды) и Университета города Утрехт заявили, что нашли антитело к коронавирусу COVID-19. Об этом сообщает erasmusmagazine.nl.
Так, научная публикация с результатами исследования готовится к публикации во всемирно известном журнале Nature.
По словам исследователей, обнаруженное антитело может блокировать инфекцию SARS1 и SARS2 – первое за всю историю антитело против коронавирусов.
Одним из авторов исследования является профессор клеточной биологии Фрэнк Гросвельд, вместе в работе участвовали еще 10 ученых. Они утверждают, что нашли антитело к SARS2, коронавирусу, вызвавшему нынешнюю пандемию (COVID-19). На данный момент препарат еще предстоит протестировать на людях, также его должны оценить другие эксперты перед тем, как публиковать материал в Nature.
«Мы опубликовали статью о антителе к нынешней пандемии, которое мы уже выделили и которое поперечно реагировало (научное определение отталкивание чужеродного вещества, - ред.) на разные коронавирусы. Антитело предотвращает инфицирование вирусом, а также помогает выявить вирусы», – говорит Гросвельд.
Он также рассказывает, что около 15 лет назад начал любительское исследование антител человека (белков, выработанных в ответ на антигены, такие как вирусы).
«Это удалось и, в конце концов, привело к созданию компании «Erasmus MC: Harbor Antibodies BV». Сейчас у нас есть филиалы в Шанхае, Бостоне и Роттердаме, где находится отдел инноваций. В основном, они работают над антителами для лечения опухолей. Вместе с отделением исследования вирусов над нами и отделом вирусологии факультета ветеринарной медицины Утрехтского университета мы присоединились к европейскому проекту: ZAPI (Zoonosex Anticipation and Preparedness Initiative). Его целью было выявление антител против MERS, SARS и другого гонконгского коронавирус (OC-43). Работая в этом проекте, мы нашли антитела, которые перекрестно реагировали с этими тремя различными вирусами и не давали ими заразиться", – рассказывает профессор.
По словам Гросвельда вышеупомянутые вирусы уже изучены, в отличие от того, который сейчас циркулирует во всем мире.
«Мы все еще сохраняли непроверенные антитела с предыдущего исследования в холодильнике, которые не реагировали со всеми тремя мутациями, но реагировали с SARS1. Когда вспыхнул текущий кризис - SARS2, мы немедленно проверили, реагируют ли антитела, которые реагировали на SARS1, и на SARS2. Так мы нашли антитело, о котором сейчас было сообщено», – заявил соавтор исследования.
На данный момент ученые пытаются приобщить к своей работе фармацевтическую компания, которая могла бы производить антитело в промышленных масштабах, как лекарство. Но перед этим, препарат должен пройти масштабное тестирование и проверку на токсикологические свойства.
«Сейчас этот процесс продолжается. В дополнение к разработке как лекарственного средства, мы также хотим использовать антитело для производства экспресс-теста, который каждый может сделать дома, чтобы люди могли легко узнать, есть ли у них инфекция или нет», – говорит Гросвельд.
Он также отмечает, что найденное лекарство поможет людям выздороветь, но в случаях пандемии, важнее эффективная профилактика.
«Настоящее решение – это вакцина, над этим работают другие ученые. Однако разработка вакцины может занять два года. Наш препарат, если все будет, как следует, мог бы появиться и раньше. Но его производство будет стоить дороже», – делится ученый.
По словам Гросвельда, вакцина от их лекарства отличается тем, что первая – создает так называемые клетки памяти, которые предотвращают проникновения вируса. А антитело действует как лекарство и пациент не вырабатывает антител сам.
«Если вы введете препарат, он будет работать несколько недель. Этого достаточно для выздоровления, но, вероятно, не для защиты от вируса навсегда. Лучше, если у пациента будет выработан собственный иммунитет», – подытожил Гросвельд.
